南京海關動植物與食品檢測中心(APFIC)于2003年10月經國家中編委批準成立，位于南京市創智路39號，是隸屬于南京海關的直屬事業單位，主要承擔進出境食品、化妝品、動植物及其產品的法定檢驗、檢測、檢疫工作。同時，作為第三方檢測機構，積極承擔國家市場監督管理總局等各級市場監督管理部門的監督抽檢和風險監測工作，也是首批獲得資質的食品復檢機構，檢測報告可信度高，權威性強。
中心下設江蘇中測檢測服務有限公司、與日本SK公司共同成立的南京華和檢測技術服務有限公司、與工業產品檢測中心共同投資的江蘇紫金檢驗認證技術服務有限公司等3個經濟實體。
中心擁有獨立的實驗區，位于實驗樓1-7層、面積約9000平方米，包括食品檢測實驗室、動物檢疫實驗室、植物檢疫實驗室、生物安全二級實驗室以及二噁英檢測實驗室，為中心高標準高質量完成各項工作任務提供有力的技術支撐。
中心擁有江蘇省“333高層次人才11人，研究員12人，高級職稱35人，中級職稱28人，其中1人享受國務院政府特殊津貼，形成了高水平的科技團隊。中心內設“一站一院”，2005年建立了“博士后科研工作站”，2011年成立原江蘇檢驗檢疫系統內首家企業院士工作站，助力高端人才快速成長。
中心共擁有600多臺套先進的檢測設備，設備原值達1.3億元。其中擁有的高精尖儀器設備包括輻照熱釋光檢測系統、高分辨液質聯用儀、高分辨氣質聯用儀、電感耦合等離子體質譜儀、液質聯用儀、氣質聯用儀、全數字化核磁共振儀、高效液相色譜儀、氣相色譜儀、氨基酸分析儀、流動注射分析儀、GPC全自動樣品凈化系統、毛細管電泳質譜聯用、近紅外分析儀、數字PCR系統等。
中心是CNAS認可的能力驗證提供者(CNAS PT 0023)，曾多次承擔和組織過國內外能力驗證，向上海海關、寧波海關、深圳海關等海關系統實驗室，江蘇省質檢院、南京市質檢院、南京市食藥院等質監系統實驗室，深圳華測、江蘇中譜等第三方檢測集團，以及日本SK檢定協會等國際檢測機構在內200多家國際國內知名檢測機構提供能力驗證服務，具有豐富的經驗、精湛的技能和誠信的服務。
中心擁有原國家質檢總局農獸藥殘留重點實驗室和蜂產品檢測重點實驗室，是出口歐盟動物源性產品殘留監控基準實驗室。中心的核心研發團隊中90%以上學歷為碩士和博士，擁有豐富的科研經驗，推出的系列藥物殘留、有毒有害殘留物及摻假使假鑒別檢測方法填補了國內外相關檢測技術領域的空白。研發的檢測技術和鑒別技術達到行業領先水平，圓滿完成了總署歷年下達的法檢和監控檢測任務，出具的檢測報告也為海關限制有害食品進口、打破貿易壁壘以及風險監測提供了詳實的數據支撐。多次代表中國接受歐盟FVO專家的專項檢查，以及日本厚生勞動省、韓國KFDA、美國 FDA、新加坡AVA等多國食品安全監管部門的檢查，工作質量得到了國外專家的高度肯定。在乳制品檢測、保健食品檢測、化妝品檢測等方面多元化發展。多項檢測技術因其具有原創性和領先性，成為原質檢總局、市場監管局、國內外行業協會以及第三方檢測機構均認可的檢測技術。在環境污染物領域積極籌備，成立了原檢驗檢疫系統中首家二噁英實驗室，開拓了環境和食品中二噁英的檢測、驗證和咨詢業務，成為繼中國檢科院后，國內食品中二噁英檢測的權威實驗室。不斷深化與市場監督管理、農委等部門的合作，是原國家食藥總局指定的唯一一家蜂產品專項打假檢測機構。先后與美國、新西蘭、法國、日本等多國權威機構開展多領域、深層次的科技戰略合作,多項檢測技術實現國際轉讓，有效提升了國際話語權。多年來和國家、省、市各級食品監管部門密切合作，共同應對多項應急工作，如：三聚氰胺事件、毒豆芽事件、毒雞蛋事件（氟蟲腈）、瘦肉精事件等。承擔了多次大型體育賽事的食品安全保障工作，如：青奧會保障、亞青會保障、揚州省運會保障、南京體育學院運動員興奮劑事件。通過多年來應對食品安全突發事件，承擔大型活動的食品安全保障工作，我們積累了豐富的經驗，并形成了一整套應急保障工作方案。
中心多年來一直注重檢測技術的能力積累，現擁有：13項 “十二五”和“十三五”國家重大科研項目、省科技支撐項目、國際合作項目、公益性項目、863子課題項目，69項科研項目，58項國家標準和行業標準，32項專利，2項國家科技進步二等獎， 4項原國家質檢總局科技興檢獎，16項江蘇省科技進步獎等其它省部級獎。中心與江蘇省市場監督管理局、江蘇省農委、江蘇省水產研究所等多家省級機關單位有抽檢合作和課題合作，對我省食品安全現狀有較深刻的認識。對于現行有效的檢測方法、食品安全問題，都能及時做好技術支持。
目前中心擁有6000多項食品檢測參數，除了滿足普通食品檢測外，同時還具備了保健食品檢測能力、嬰配食品檢測能力、特醫食品檢測能力、化妝品檢測能力、環境樣品檢測能力等，還是CFDA備案的特殊食品驗證評價技術機構。
